Program studi Ilmu Ekonomi menekankan pada pengembangan pemahaman tentang teori ekonomi, analisis kebijakan ekonomi, serta implementasi strategi pembangunan yang berkelanjutan di tingkat lokal.

Mahasiswa yang mengambil program ini akan dibekali dengan pengetahuan di bidang ekonomi mikro, makro, dan ekonomi pembangunan, serta keterampilan dalam riset sosial dan kebijakan publik. Program ini juga mendukung pengembangan kewirausahaan dan memperkenalkan mahasiswa pada konteks ekonomi lokal di Papua, untuk membantu mereka dalam beradaptasi dan memberikan kontribusi positif terhadap pembangunan ekonomi daerah.

FEB Uncen juga aktif dalam mengadakan pelatihan, seminar, dan program-program pengabdian kepada masyarakat yang bertujuan untuk meningkatkan kapasitas sumber daya manusia di Papua, serta memperkenalkan kebijakan dan praktik-praktik ekonomi yang relevan dengan kondisi lokal.